La Parroquia de Santo Tomás en un principio pertenecía a la de San Millán. La expansión de esta zona de la ciudad en la que vivían agricultores, ganaderos y artesanos, propician que surgiera para dar cobijo a los habitantes que estaban dispersos por el campo, lejos de las antiguas parroquias.
Fue construida a principios del siglo XIII, poco después de la vecina Iglesia de San Millán. Es un edificio de una sola nave, con ábside semicircular, cornisa y una ventana decorada, todo semioculto o desfigurado por nuevas construcciones que se llevaron a cabo entre los siglos XVI y XVII.
En 1549 se hicieron los soportales nuevos. En 1578 se enlosó el presbiterio y el contorno de la pila del bautismo y el portal. Unos siglos después, en 1793, se hizo el recinto actual del atrio, con una pared desde la sacristía hasta la puerta del Perdón.
En 1759 se solicitó al señor obispo licencia para construir un retablo mayor nuevo en el que estuvieran las imágenes de Santo Tomás, San Pedro y San Pablo. El altar fue montado por Diego Balboa en 1760. Posteriormente se pidió autorización para dorar el retablo mayor. Estos trabajos finalizaron en 1774.
LAS CAMPANAS
En 1616 se colocó una nueva campana colocada por .el maestro Miguel Carredano, fundidor del Real Ingenio de la Casa de la Moneda. Una década después fundió la campana grande. La campana mayor la hizo Joaquín Sierra en 1760.
PRESBITERIO
Para cumplir con las normas del Concilio Vaticano II, que se celebró desde 1962 hasta 1966, la mesa del altar mayor fue separada del retablo. En las columnas laterales se colocaron las tallas de Nuestra Señora de Belén, San José y el Niño, que anteriormente estaban en unos altares laterales A ambos lados hay dos cuadros, uno de la Purísima y otro que refleja el nacimiento de Jesús. Ambas obras fueron donadas por Diego de Riofrío en 1765.
El Retablo del Santo Cristo, fechado en 1537, EN la parte superior se hallaba otro crucifijo con un velo y una imagen de San Lucas a la que se unió una imagen de la Verónica poco después. El Retablo de la Virgen del Rosario se hizo en 1778. El primer altar de la Virgen lo hizo Gabriel de Sosa en 1539. Un siglo después se hicieron obras de ensanchamiento en el altar y se dedicó a la advocación de la Virgen del Rosario. A finales del siglo XVIII se acordó hacer una sobrecorona de la Virgen, que fue elaborada por Juan de la Cruz Benito, platero de Segovia.
PILA DEL BAUTISMO
Esta pila ya figuraba en el inventario de 1503. En 1631 se compró una tapa de la pila bautismal. Este ha sido siempre uno de los símbolos de la parroquia. Frente a esta pila hay un cuadro de gran tamaño de la Santísima Trinidad que procede del Antiguo Convento de la Trinidad, que estaba ubicado en la actual plaza de José Zorrilla, concretamente en el edificio que alberga la Dirección Provincial de Educación. Todavía se conserva la puerta y la verja, con arco de piedra de sillería y escudos de la orden de los religiosos de la Santísima Trinidad.
LA Iglesia alberga otros objetos que proceden de este antiguo convento como la imagen del Santo Cristo de la Salud, la de San Juan de Mata, un cuadro del Cristo de Burgos en el atrio, un cuadro de la Virgen de la Fuencisla, otro de Santo Domingo y un cuadro de la Purísima que está dentro de la sacristía.
En el interior de la sacristría hay varios cuadros, entre los que cabe destacar La Piedad, lienzo de gran tamaño que proviene del convento de los trinitarios. El cuadro del Ecce Homo o Cristo atado a la columna es otras d las obras destacadas de esta parroquia.
La Cruz Parroquial ya figura en el inventario realizado en 1503. Ha sufrido muchos arreglos. En 1628 el platero Francisco Olmedo hizo importantes reformas. Cuatro décadas después, el se compuso nuevamente la cruz.
FUENTE: GARCÍA, Teodoro( 1996): La antigua Parroquia de Santo Tomás Apostol Segovia.